A construção da Igreja da Misericórdia foi iniciada em 1654, no mesmo local do antigo templo erguido por Tomé de Souza. Suas obras foram custeadas pelo provedor Francisco Mendes do Sim e duraram muitos anos. A partir de 1722, foram realizadas obras de complementação e embelezamento.

Na Igreja da Misericórdia há presença de vários estilos: Barroco, rococó e neoclássico, que pode ser encontrados nos bens patrimoniais móveis e integrados. A Igreja foi palco dos sermões do padre Antônio Vieira e esteve fechada para restauração de 2001 a 2008. Considerada um marco da arte portuguesa na Bahia, a igreja foi tombada pelo IPHAN como parte integrante do conjunto arquitetônico Paço da Misericórdia.

Entre os elementos artísticos presentes na Igreja, podemos citar:

• Altar mor em estilo rococó;
• Imaginária barroca, com as imagens de Nossa Senhora da Conceição, Santa Luzia, Santana Mestra, Santo Antônio, Santos Cosme e Damião e anjos tocheiros;
• Painéis de azulejos portugueses, retratando a Procissão do Fogaréu e a Procissão dos Ossos, além de figuras de convite ou de guarda, datados do século XVIII;
• Pinturas em óleo sobre tela de autoria de José Joaquim da Rocha, retratando passagens da vida de Nossa Senhora: o casamento de Maria e José, a Anunciação, a Apresentação de Jesus e a Assunção de Maria, datadas do século XVIII.
• Crucificados em marfim e prata, século XIX;
• Altares laterais que refletem a reforma neoclássica, assim como, cadeiral.

Neste espaço, acontecem celebrações religiosas da Irmandade e de eventos, além da locação do espaço para casamentos e batizados. Também recebemos o projeto Concerto nas Igrejas, com apresentações de grupos e maestros, dentro da programação do Pelourinho Dia & Noite.