A Santa Casa da Bahia teve aprovada pelo Ministério da Cultura a solicitação para a captação de recursos do projeto de restauração da Igreja e da Ala Sul do Museu da Misericórdia. A notícia foi publicada no Diário Oficial da União em 12 de dezembro de 2017. O projeto de nº 178128, é no valor de R$ 10.755.156,71, e será de grande importância para a Instituição. Serão realizados trabalhos de restauro artístico no forro da Igreja, construídas novas salas de exposição, galerias de arte, sala de administração, e ainda um moderno auditório, que vai atender não só aos eventos desenvolvidos pela Santa Casa, como também às instituições do Centro Histórico.

A expectativa é de iniciar as intervenções ainda em 2018, logo após a captação dos recursos via Lei Rouanet. Serão pelo menos três anos de trabalho até a conclusão de todo o projeto de restauro. Durante este período, o Museu manterá a visitação nas demais áreas.

O projeto original de construção e restauro do antigo edifício-sede, palácio do século XVII, onde funciona o Museu da Misericórdia, foi iniciado em 1999. A conclusão desta primeira etapa e início das visitações ao Complexo Cultural se deu em 2006. Agora, com as últimas áreas sendo qualificadas, o museu estará ainda mais completo, com mais espaços expositivos e mais peças expostas, já que muitas obras estavam em acervo.