A construção da Igreja da Misericórdia foi iniciada em 1654, no mesmo local do antigo templo erguido por Tomé de Souza. Suas obras foram custeadas pelo provedor Francisco Mendes do Sim e duraram muitos anos. A partir de 1722, foram realizadas obras de complementação e embelezamento. Na Igreja da Misericórdia há presença de vários estilos: Barroco, rococó e neoclássico, que pode ser encontrados nos bens patrimoniais móveis e integrados. A Igreja foi palco dos sermões do padre Antônio Vieira e esteve fechada para restauração de 2001 a 2008. Considerada um marco da arte portuguesa na Bahia, a igreja foi tombada pelo IPHAN como parte integrante do conjunto arquitetônico Paço da Misericórdia.